Perkuliahan dan kegiatan akademik lainnya untuk semester ganjil diselenggarakan mulai awal September sampai dengan akhir Desember. Untuk semester genap diselenggarakan mulai awal Februari sampai dengan akhir Juli. Mahasiswa Program Doktor diwajibkan mengambil matakuliah sebesar 8-12 SKS untuk yang berpendidikan S2 bidang Teknik Mesin, atau 24-28 SKS untuk yang berpendidikan S2 di luar bidang Teknik Mesin. Komposisi mata kuliah ditentukan secara individual oleh Tim Penguji pada saat ujian seleksi penerimaan, dengan tujuan memperoleh dasar yang luas dan pengetahuan yang mendalam untuk mendukung risetnya. Rencana tersebut diwujudkan dalam bentuk pengisisan Kartu Akademik Mahasiswa, dengan mendapatkan persetujuan dari Tim Promotor dan diketahui oleh Pengelola Program Studi.
Untuk dapat mengikuti perkuliahan, setiap semester mahasiswa harus mengisi Kartu Rencana studi (KRS) yang disetujui oleh Promotor. Pengisian KRS ditentukan sebagai berikut :
- Pengisian KRS dilakukan satu minggu sebelum kegiatan akademik setiap semester, sesuai dengan matakuliah yang telah disepakati oleh Tim Promotor,
- Bagi mahasiswa baru, pengisisan KRS sah bila yang bersangkutan dapat menunjukan tanda bukti regristrasi;
- KRS dibuat rangkap empat, semuanya ditandatangani oleh Promotor, satu untuk Mahasiswa, satu untuk Promotor, satu untuk Pengelola Program Studi, dan satu diserahkan ke Bagian Administrasi Program Pascasarjana UGM,
- Bila tidak mengisi KRS, maka mahasiswa tidak diperbolehkan mengikuti ujian matakuliah yang bersangkutan.