Program Studi S3 Teknik Mesin UGM dipimpin oleh Penanggung Jawab yaitu Dekan Fakultas Teknik UGM, Wakil Penanggung Jawab yang dijabat oleh Ketua Departemen Teknik Mesin yang membawahi Pengelola (KaProdi) dan Wakil Pengelola (Sekretaris Prodi), dan tiga tenaga administrasi dan satu pembantu umum. Secara operasional akademik pengelola bertanggung jawab kepada Dekan FT.UGM dan secara operasional administratif pengelola juga bertanggung jawab kepada Dekan FT UGM. Pegelola Program Pascasarjana Fakultas adalah pelaksana tugas-tugas Dekan. Oleh karena Program Studi S3 Teknik Mesin UGM merupakan salah satu program studi di Departemen Teknik Mesin FT. UGM maka pengembangannya ada dalam lingkup departemen, baik pengembangan bidang akademik, sarana dan prasarana, dan pengembangan staf dosennya.
Struktur organisasi
Penanggung Jawab Dekan Fakultas Teknik UGM
Wakil Penanggung Jawab Ketua DTMI
Ketua Program Studi Muslim Mahardika, S.T., M.Eng., Ph.D.
Sekretaris Program Studi Dr. Khasani, ST., M.Eng.
Staf Administrasi Keuangan Cahyo Budi Utomo, S.E.
Staf Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan Andhes Puspitalina, S.Hut.
Staf Pembantu Umum Waluyo