Secara umum, pembimbingan akademik adalah sebagai berikut;
- Tim promotor berjumlah minimal dua orang, yang terdiri atas satu orang Promotor dan satu atau dua orang Ko-promotor.
- Peserta Program Doktor wajib aktif berusaha mendapat bimbingan yang teratur dari Tim Promotor.
- Peserta Program Doktor dengan bimbingan Tim Promotor wajib menyusun usulan riset disertasi dalam waktu selambat-lambatnya satu tahun setelah lulus perkuliahan.
- Peserta Program Doktor diwajibkan berada di Kampus selama mas studi, kecuali dengan izin khusus dari Tim Promotor dapat diberikan meninggalkan kampus paling lama dua semester.
- Peserta Program Doktor diwajibkan menyerahkan laporan kemajuan studi secara tertulis setiap akhir semester kepada Pengelola Program Studi dan Direktur, dengan pengesahan Tim Promotor,
- Tim promotor secara teratur dan intensif membimbing peserta Program Doktor dalam penyusunan usulan riset, penyiapan ujian komprehensif, pelaksanaan riset, penulisan disertasi, dan penyiapan ujian akhir.
Tim Promotor diangkat oleh Direktur Program Pascasarjana. Susunan Tim Promotor ditentukan dalam rapat seleksi penerimaan calon mahasiswa Program Doktor, dengan syarat.
1) Promotor harus memiliki jabatan Guru Besar atau seseorang bergelar Doktor dengan jabatan Lektor Kepala.
2) Ko-promotor adalah seorang Guru Besar atau seorang dengan gelar Doktor
3) Tim Promotor ditentukan berdasarkan kepakaran yang sesuai dengan bidang riset yang akan dilaksanakan oleh calon mahasiswa Program Doktor.
4) Seorang dosen pembimbing disertasi hanya boleh membimbing sebanyak-banyaknya 8 orang mahasiswa program doktor dalam 1 semester, dengan rincian 4 mahasiswa sebagai Promotor dan atau 4 mahasiswa sebagai Ko-promotor.
5) Apabila mahasiswa juga melaksanakan riset pada suatu instansi di luar UGM, maka instansi tersebut dapat menunjuk seorang Pengawas yang bertugas memantau dan menilai pelaksanaan riset mahasiswa. Akan tetapi, Pengawas ini tidak otomatis menjadi anggota Tim Promotor maupun angggota Tim Penguji.Selain itu, prosedur pembimbingan disertasi di Program Doktor Teknik Mesin UGM sebgai berikut :
1) Mahasiswa harus mengisi KRS untuk memulai disertasi
2) Mahasiswa menerima log-book dari Bagian Administrasi S3 Teknik Mesin
3) Mahasiswa dapat mulai melakukan riset disertasi dengan kewajiban mencatat seluruh aktifitas, data dan catatan lainnya selama riset di dalam log-book.
4) Log-book ini harus disahkan oleh Promotor.
5) Setiap enam bulan sekali, calon Doktor diwajibkan melaporkan secara tertulis tentang kemajuan pelaksanaan riset yang disahkan oleh Tim Promotor kepada Pengelola Program Studi.
Aturan-aturan tersebut di atas dijelaskan kepada setiap mahasiswa Program Doktor pada saat memulai studinya dan saat akan mulai melaksanakan riset disertasi.